受之前黑客攻擊互聯網的影響，郵件服務器現在在安全防范技術上增加了很多新的技術，現在大多數企業郵箱系統都包含了反垃圾反病毒、數據傳輸加密、文件夾加密、身份認證等技術。這在一定程度上保證了企業之間信息的安全傳輸。

身份認證主要指SMTP發信認證，此項功能對于郵件服務器是一個可選功能，主要目的是防止黑客利用自己的服務器攻擊其他郵件服務器。完善SMTP身份認證不僅可以制止黑客的惡劣行為，同時可以保證自己的郵件服務器的各種資源可以充分地應用到日常的郵件處理過程中，不會造成服務器的系統崩潰和資源浪費。無論是POP3協議還是SMTP協議，由于其在設計之初的缺陷，全部使用明碼進行消息的傳遞，因此很容易造成信息的泄漏。我們可以通過兩種方式提高系統的安全性：鏈路加密和端對端加密。

鏈路加密是使用加密工具(軟硬件工具)對傳輸的線路進行數據加密，需要網絡設施的支持。端對端加密是郵件客戶端到郵件客戶端的加密，是郵件服務器應當提供的功能，目前較為流行的方式是使用SSL/TLS進行傳輸加密。垃圾郵件大多是一些帶有商業性質的廣告等宣傳品。此外，許多病毒以及身份證和信用卡盜用案例也與垃圾郵件有關。因此，我們需要郵件服務器具有垃圾郵件處理的功能，抵御大部分垃圾郵件的攻擊。目前，大多數郵件服務器都具有了基本的病毒防護的能力。

現在企業越來越頻繁的使用企業郵箱進行貿易往來的信息傳輸，企業郵件涉及商業機密，所以我們應該給企業郵件一個安全的傳輸環境。現在大多數郵件服務器的安全級別都得到了提高，正因為企業重視這個問題，對企業郵箱的安全要求高，所以企業郵箱提供商也會繼續對企業郵箱系統安全操作進行更高技術支持。